2004년 한국과 미국 두 나라는 워싱턴에서 10차 미래한미동맹정책구상회의를 열어 용산기지 이전협상을 완전 타결하였다. 이 타결된 내용을 기초로 하여 8월 미군기지 이전부지 349만평을 추가로 공여했는데, 평택지역으로 확정하여 발표하였다. 10월 26일에는 연합토지관리계획(LPP)를 개정하고 용산기지 이전 협정이 최종 체결되었다. 2004년 12월, 국회에서 ‘용산기지 이전협정 비준동의안’이 가결돼 전국 미군기지의 경기 평택시 이전 사업이 시작되었다.
2004년 1월 주민들은 평택 기지이전은 지역주민의 의견수렴이 없이 일방적으로 결정된 것이므로 원천무효임을 주장하였다. 1월 19일에는 미군기지 확장 반대 평택 대책 위원회가 평택 시청에서 기자회견을 갖고 용산기지 평택 이전에 반대 입장을 밝혔다. 2004년 3월 평택시는 주한미군기지 이전 대책 전담기구를 신설하려고 하였으나 지역시민사회단체들이 주민들의 압도적 반대의견을 무시한 채 평택시가 미군기지의 평택이전을 기정사실화하려는 것이라며 백지화를 요구하고 나섰다. 3월 22일 전담기구 설치 조례 재정 관련 안건을 통과시키자 반대 운동이 있었다. 평택시 주민들은 평택기지 이전이 공식 발표가 나지 않았을 뿐이지 기정사실화 되어있는 것에 크게 반발하였다.
2004년 5월 29일 평택시민들은 대규모 집회를 열었다. 5·29 반전 평화문화 축제 조직 위원회를 중심으로 하여 도보 시위 및 평화 콘서트를 시행하였다. 이런 평택시민들의 대규모 집회에도 불구하고 다른 무력 충돌은 없었다.
2004년 8월 24일에 정부는 "양국은 8월 19~20일에 열린 제 11차 미래한미동맹정책구상(FOTA) 회의에서 2008년을 전후한 시기에 한강 이남으로 옮겨갈 예정인 용산기지 부대들과 미 2사단 등의 구체적인 재배치 위치 및 해당지역 토지매수 계획안에 합의하였다"고 밝혔다. 이 회의에서 결정된 사항은 용산기지 이전 및 주한미군 2사단 재배치를 위해 경기도 평택시 서탄면 금각2리, 황구지리, 신장1동 일대 64만평과 팽성읍 도두2리, 대추리, 내리, 동창리 일대 285만평 등 총 349만평을 2005년까지 매입해 미군측에 공여하는 것이었다.
하지만 주민들의 반발로 인해 2008년 완공하려던 기존의 계획은 실행되기 어렵게 되었다. 용산기지 이전 및 주한미군 재배치를 위한 경기도 평택시 일대의 매입대상 토지와 부대별 배치계획이 8월 24일 최종 확정되었고, 이에 따른 토지 매입과 부대 배치 계획을 제대로 진행하기 위해 8월 24일부터 25일까지 오산기지와 캠프 험프리 주변 주민들을 상대로 토지매입 절차 와 이주대책 등을 설명하였다. 하지만 주민들과의 극심한 의견차이로 인해 그 설명회가 제대로 운영되지도 못하였으며 당연히 두 의견 차이를 좁히지 못하였다. 국방부의 일방적인 일 처리에 불만을 가지고 있던 주민들의 불만은 9월 1일 공청회에서 더 극명하게 볼 수 있었다.
2004년 9월 1일에는 국방연구원과 평택대학교의 '주한미군기지 이전 관련 평택지원 특별법(안)에 관한 공청회'는 평택 시민들의 거센 반발로 제대로 이루어지지 못하였다. 아직 국회의 비준도 받지 않은 안건을 가지고 평택시 주민들과의 합의 없이 국방부가 일방적으로 공청회를 주체하였다는 것에 대한 절차상의 불만과 평택으로 미군기지를 이전하는 것 자체에 대한 반대로 주민들은 크게 반발하였다.
2004년 8월 27일 경기도 평택지역에 수도권정비계획법상 불허된 500㎡ 이상의 공장 신·증축과 수도권 과밀억제권역에는 제한된 4년제 대학의 증설·이전을 허용하는 내용의 ‘주한미군기지 이전에 따른 평택지역 등의 지원 등에 관한 특별법(안)’을 입법예고하였다. 그리고 9월 16일에 평택시는 미군기지 이전에 따른 평택지원 특별법안에 대한 평택시의 최종 의견서를 마련해 16일 국방부와 주한미군대책 기획단에 제출하였다. 이런 노력 끝에 정부는 2004년 10월 19일 국무회의에서 ｢주한미군 기지 이전에 따른 평택시 등의 지원 등에 관한 특별법｣을 제정하였고, 평택 지역 발전 및 자금 지원에 대한 법적인 근거를 마련하였다.
2004년 10월 26일에는 한미 양국이 용산기지 이전 포괄협정과 이행합의서 그리고 LPP 즉, 연합토지관리계획 개정안에 공식 서명했고, 2004년 12월 7일에는 국회 통일외교통상위이 전체회의를 열어 주한미군 용산기지 이전협정 비준동의안과 한미 연합토지관리계획 개정협정 비준동의안을 통과시켰다.
2005년 3월 15일에는 미군기지 확장 반대 평택·팽성 대책 위원회와 평택 참여 자치 시민연대는 15일 미군기지 이전 관련 협정이 조약 체결에 관한 국회의 동의권과 침략적 전쟁의 부인, 행복추구권, 평등권 등을 침해하였다며 헌법소원을 제기하였다. 하지만 헌법 재판소는 2006년 5월 23일 헌소에 ‘각하’ 결정을 내렸다.
 2005년 4월 27일에는 미군기지 이전대상 지역인 경기도 평택 지 주둔 미군과 지역사회간에 현안을 논의하는 상설 협의체가 구성되었다. 2005년 12월 22일, 건설교통부는 ‘주한미군 기지 이전에 따른 평택시 등의 지원에 관한 특별법’에 근거한 평택지역개발계획이 최근 확정됨에 따라 평택시 모곡·서정·장당·지제동 및 고덕면 일대 539만평을 국제화계획지구로 지정, 신도시로 개발한다고 22일 밝혔다.
하지만, 이렇게 업무 절차 진행이 수월하기만 한 것은 아니었다. 여전히 주민들의 반대는 거셌다. 기존의 계획대로 2006년 주민들의 이주를 시작하여 기초 공사를 시작하려 하였지만, 주민들의 반대에 부딪혔다. 2006년 3월 평택 미군기지확장 부지 안에 있는 대추 분교 철거작업에 나선 국방부와 법원 집달관들이 주민들의 반발로 법원 결정을 집행하지 못하였다. 2005년 7월에 대추분교의 소유권을 넘겨받았지만 지난해 말까지 임대계약을 맺은 평택두레풍물보존회가 사무실을 비우지 않자 법원에서 출입금지가처분신청 결정을 받은 뒤 집행에 들어간 것이었지만, 무력으로 집행을 저지하는 주민들 때문에 집행이 어려웠던 것이다.
2005년 6월부터 평택지역 부지 매입에 나선 국방부는 올 1월27일 소유권 이전 등록을 완료했음에도 불구하고 집행이 어려워지자, 농수로를 막아 영농 생활을 금지하게 하는 등의 직접적인 집행을 하기 시작하였다. 또한, 2006년 5월 3일 국방부 장관은 평택시 팽성읍 대추리 대추 분교에 대한 행정 대집행을 강행할 수 밖에 없는 이유를 설명하고 협조를 당부하였다. 영농행위 중단 등을 요구하며 집행을 예고하였지만, 전혀 협조가 있지 않았다는 것을 설명하였다. 그리고 국방부가 평택 주한미군기지 확장ㆍ이전을 위해 평택 주민들이 점유한 대추분교를 철거하려 하자 주민들이 반발해 "집행을 막아달라"며 법원에 낸 행정대집행(강제철거) 정지 신청에 대한 판단이 유보되었다. 서울행정법원은 2006년 5월 3일 `미군기지 이전확장반대 팽성대책위원회'가 2006년 4월 27일 법원에 대집행영장 통지처분취소 소송을 제기하며 함께 낸 `행정대집행 정지 신청'에 대해 결정을 미루고 차후 심문기일을 정해 양측 입장을 더 듣기로 하였다고 밝혔다.
하지만, 2006년 5월 4일 강제철거가 집행되었다. 1만 4천명의 병력을 투입해 평택 미군부지확장 예정부지에 대한 강제행정집행을 개시하였고, 평택 주한미군 기지 이전 예정부지 285만평을 군사시설 제한보호구역으로 설정하였다. 군사시설 제한보호구역으로 설정하는 것은 군인들이 상시 대기하며 그 지역을 감시할 수 있도록 하는 것이어서, 기존의 제재보다 훨씬 강력하다고 할 수 있다. 국방부는 또한 미군 이전 기지 범위의 29km 구간에 대하여 철조망 설치 작업을 완료하였다. 거기에다가 서울 행정법원은 2006년 5월 4일, '미군기지 이전확장반대 팽성대책위원회'가 지난달 27일 법원에 대집행영장 통지처분취소 소송을 제기하며 함께 낸 '행정대집행 정지 신청'에 대해 집행을 정지할 만큼 긴급한 필요성이 있다고 인정되지 않는다며 기각하였다. 주민들의 반대로 계속 연기되던 미군 이전 계획에 탄력을 받은 것이다.
2006년 7월 28일에 정부는 경기도 팽성지역 가옥 98가구에 대한 인도소송과 가처분 신청을 하였고, 강제 철거를 위한 준비를 하였다. 이에 주민들은 국가를 상대로 손해배상 청구 소송을 제기하였다. 주한미군기지 이전 예정지로 정해진 평택 대추리ㆍ도두리 주민 13명이 군과 경찰의 위법한 공권력 행사로 피해를 입었다며 국가를 상대로 소송을 제기한 것이다.
위의 재판에 대한 결과가 나오지는 않았지만, 2006년 9월 13일 국방부는 대추리, 도두리 등 평택지역 미군기지 이전 부지 내 빈집들에 대해 철거작업에 들어갔다. 빈 집들 뿐만 아니라 사람이 사는 집 또한 이주 정책의 시기를 고려하여 강제 철거에 들어갈 것이라고 발표하였다.
강제 집행이 이루어지려고 하였으나, 2007년 1월 2일부터 2월 13일까지 평택시청 소회의실에서 12차에 걸친 대화를 거듭한 끝에 타협을 성사시켰다. 남아있던 59가구 주민들은 오는 3. 31일까지 자진 이주를 한다는 것이었다. 이로 인해, 이주민들의 이주를 기다렸다가 문화재 시굴조사를 비롯하여, 공사용 도로공사 등 부지조성이 시작 될 것이었다.
그리고 2007년 2월 21일, 국방부는 경기 팽택시 팽성읍 대추리·도두리 일대 미군기지확장지역 기반공사를 위해 수도군단 소속 공병단 2개 중대를 투입 8Km 구간의 진입로 공사에 착수하였다.
2007년 3월 20일에 한국과 미국은 미군기지 평택 이전에 대한 종합계획(Master plan)에 대하여 합의하였고 9월에 공사를 시작하기로 하였다. 하지만, 실제 공사 시작은 2007년 11월 13일에 이루어졌다. 2008년에 완공하려고 했던 최초의 계획과는 다르게 많이 연기가 되었지만, 주민들과의 갈등이 일단락 끝났기 때문에 가능했던 일이었다.
기존의 2013년 완공이라는 계획과 다르게 완공의 시기가 자꾸 늦춰지는 것은 주한 미 2사단의 평택 재배치 일정이 한ㆍ미간의 이전비용분담 이견 때문이다. 미군 측이 의정부와 동두천에 있는 미2사단을 평택으로 옮기는데 소요되는 재원을 조달하는데 어려움을 겪고 있다는 입장이었다. 

 

진행경과
1990. 6. 5	주한미군기지 이전 관련 한미 기본합의서 및 양해각서를 체결
2004. 8.	미군기지 이전부지 349만평 추가 공여(평택지역) 확정 발표
2004. 10. 26	연합토지관리계획(LPP) 개정 및 용산기지이전 협정 최종 체결
2005. 2.	평택미군기지 확장저지 범국민 대책위원회 결성
2005. 3.	미군기지확장반대 평택팽성대책위원회 미군기지 이전 헌법재판소 제기
2005. 6. ~ 12.	국방부 평택지역 협의 매수 (349만평 중 275만평)
2005. 12. 22	미협의 부지 법원 공탁 (74만평, 1335억원)
2006. 1. 27	매수부지 소유권 국방부 이전
2006. 3. 15	국방부 제1차 영농차단
2006. 4. 7	국방부 대추리 일대에 대해 출입금지 및 영농금지 가처분 신청
2006. 5. 4	군경 합동으로 대추분교 강제 철거 및 토지 수용지역에 철조망 설치/ 평택시 팽성읍 대추·도두·함정리와 안성처너 주변 285만평을 군사시설 보호법상의 군사시설보호구역으로 설정해 영농금지 조치 등의 법적 근거 확보
2006. 9. 13	평택시 팽성읍 대추·도두·함정리 강제 찰거 시작
2007. 2. 13	평택시 팽성읍 주민들의 자진 이주 협상 타결
2007. 11. 13	평택시 미군 기지 공사 시작