1) 갈등 개요와 원인

본 갈등은 내무부가 1977년 1월 이후 도입된 91척의 선박에 대해 총 60여억 원의 보존등록세를 소급 추징할 움직임을 보이자 관련업계가 반발한 사례이다. 내무부는 지방세법 제132조에 명시된 선박보존등록세율 적용에 있어 상속·무상 이외의 유상취득 시에는 선가(船價)의 10/1,000을 납부해야 된다고 유권해석을 내리고, 1977년 1월 이후 도입된 67개 선사의 91척에 대해 총 60억원 상당을 추징키로 하였다.
이와 같은 갈등은 1981년 ‘흥아해운’이 부산시 중구청을 상대로 낸 선박등록세 1,615만원에 대한 부과취소소송에서 대구고등법원이 원고승소판결을 내림으로써 부과취소로 결론지어 졌다. 대구고등법원은 “선박소유권 보존등기는 지방세법 제132조제1항제3호에 해당하는 이전등기라고 인정할 수 없으며, 동 제4호에 명시된 보존등기에 해당하기 때문에 등록세 및 방위세 부과처분은 위법”이라고 결정하였다.

2) 주요 쟁점과 이해당사자 의견

해운업계는 당시까지 선박보존에 대한 등기가 지방세법 제132조제1항제4호에 의거해 척당 5,000원의 수수료 납부로 처리되었다며, 1979년부터 내무부측이 도입선박에 대한 보존등기를 동 조항 제3호의 유상취득으로 간주하여 선가의 1%세율을 적용해야 한다고 주장했다. 업계는 특히 내무부가 선박보존등기세를 선가의 10/1,000으로 하는 법 개정을 추진하였으나, 1979년 11월 차관회의에서 부결된바 있음에도 불구하고 국세기본법에도 어긋나는 소급과세를 강행하려하고 있다고 주장하며, 이를 철회해 줄 것을 강력히 촉구하였다. 또한 업계는 당시 일반부동산은 보존과 이전등기가 구분되어 있는데, 선박만 일괄 처리되는 것은 모순이라고 지적하였다. 또한 불황으로 인해 자금난을 겪고 있는 가운데 60억원을 추징할 경우 선박증강계획의 차질은 물론 해운의 국제경쟁력 약화마저 초래할 것이라고 우려하였다.
내무부는 1979년 남성원양 소속 2척의 등록세로 96만원을 추징고시한데 이어, 1980년 들어 1977년 1월 이후 도입된 선박 91척에 대해 총 60여억 원의 보존등록세를 소급 추징할 움직임을 보여 왔다. 그러나 법무부는 이 같은 내무부의 해석을 번복하여 선박보존등기가 제132조제1항제4호에 해당하기 때문에 건당 1,500원의 수수료로 효력이 발생한다고 발표함으로써 관계당국 간의 의견도 엇갈리는 상황에 이르렀다.
 

내무부는 업계의 반발이 거세지자 선가의 10/1,000을 부과하려는 당초 방침에서 물러나 세율인하방안을 마련하였다. 내무부는 당초 1977년 1월 이후 도입된 선박 91척에 대한 보존등록세의 고지서 발부에 들어갔으나, 해운업계의 반발로 이의 집행이 어려워지자 등록세율을 1,000분의 20～30으로 인하하려는 절충안을 모색하였다. 그러나 관련업계들은 이 같은 방침이 이미 수수료 납부로 효력이 발생한 선박보존등록의 무효를 전제로 한 것이기 때문에 받아들일 수 없다는 입장이었다. 당국은 대상업체에 최고장을 발부하며, 납부하도록 최후통첩을 보내는 상황에 이르렀다. 이에 업계에서는 행정소송을 준비하였고, 대구고등법원은 업계의 손을 들어주었다.