지구는 하나의 생명체라는 ‘가이아 이론’을 바탕으로 가이아는 지구를 구하려는 초능력자인 울트라맨 가이아로 변용된다. 원형콘텐츠 가이아의 여성성은 사실상 사라지고 오히려 지구를 구하는 초능력을 가진 남성으로 변용되고 있다. 하지만 생명체로서의 지구를 구한다는 스토리 전개는 땅의 생명을 보존하는 여신인 가이아의 신화적 의미를 여전히 지니고 있다.　1980년대에 세계 각지의 천재들이 모여 ‘알케미스트 스타즈’라는 단체를 만들어 서로의 두뇌 네트워크를 통해 지구의 의지를 연구한다. 이들은 지구가 ‘대근원적 파멸체’의 위협에 곧 직면하리라는 사실을 알게 된다. 전 세계 국가들은 이에 대응하기 위해 XIG와 GUARD를 결성하고 알케미스트 스타즈는 대응기술을 개발한다. 이 단체의 일원인 후지미야 히로야는 인류가 없어져야 지구를 구할 수 있다고 믿으면서 단체에서 탈퇴한다. 그는 광양자 컴퓨터를 이용해 지구의 의지와 접촉하는데 성공하고　울트라맨 아굴이 된다. 한편, 평범한 대학생 타카야마 가무는 자신의 의지와 지구의 의지를 동기화하는 입자 가속 실험을 하다가 땅속에 잠들어 있는 거인 울트라맨과 만나 울트라맨 가이아가 된다. 울트라맨 가이아는 인류를 구해야 지구가 멸망하지 않는다고 믿으면서 울트라맨 아굴과 갈등관계에 놓인다. 하지만 결국은 둘이 힘을 합쳐 지구를 구한다.