이사회의 일반적인 의사결정 방식은 가중다수결(QMV)이다. 특히 일반입법절차(OLP)에서 이사회는 매우 예외적인 상황에서만 만장일치표결을 행하고 대부분 가중다수결 표결을 적용한다. 그러나 특별입법절차(SLP)에서 이사회는 가중다수결과 함께 만장일치표결을 병행한다. 한편 유럽이사회 역시 회원국 간 만장일치 합의를 통해 의사결정을 행하고 극히 제한적으로 가중다수결 표결을 활용한다.
1958년에 출범한 유럽경제공동체(EEC)에서 이사회의 의사결정은 만장일치표결로 이루어졌고, 1966년 이후 공동농업정책(CAP)을 위시한 주요 사안에서 가중다수결 표결 도입이 예정되었었다. 그러나 1966년 룩셈부르크타협(Luxembourg Compromise)으로 가중다수결 도입은 사실상 무산되어 1986년 단일유럽의정서의 체결 이전까지 만장일치표결이 보편적으로 적용되었다. 이후 매 조약 수정시마다 가중다수결 표결 적용 영역이 확대되면서 자연스럽게 만장일치표결 적용은 제한적으로 이루어지게 되었다. 2007년 리스본조약 체결로 일반입법절차 적용 영역이 대폭 확대되면서 가중다수결 표결 역시 이사회의 일반적인 의사결정 방식으로 자리잡게 되었다.
그러나 리스본조약 체결 이후에도 외교안보, 내무사법 및 경제통화동맹(EMU)을 포함하여 조약에 명기된 75개의 특별한 분야에서는 여전히 만장일치표결이 적용되고 있다. 이사회 내에서 만장일치가 적용되는 주요 분야는 합의절차(Consent Procedure)에서 회원국 가입과 탈퇴, 유럽시민권, 경찰사법협력, 차별대응, 다년예산계획(MFF) 등 회원국에게 정치적으로 민감한 사안들이다. 한편 자문절차(Consultation Procedure)에서는 사회 안전 및 사회적 보호조치, 간접세 조정 및 사회정책을 중심으로 만장일치표결이 폭넓게 적용되고 있다. 만장일치표결은 회원국의 국가이익을 보호하기 위해 거부권을 인정한 것으로 여전히 주요 정책에서 폭넓게 적용되고 있다. 다만 만장일치표결의 경직성이 야기하는 부정적 효과를 억제하기 위해 외교안보 부분에서는 강화된 협력(Enhanced Cooperation)을 통해 유연성을 두고 있다. 즉 강화된 협력을 통해 의결에 반대하는 국가는 표결에 참여하지 않는다.

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Qualified Majority Voting (QMV)