스트라스부르에 본부가 위치한 솅겐정보시스템의 설립은 솅겐이행협정(SIC)의 최대 성과라고 할 수 있다. 솅겐정보시스템은 협정 체결국의 모든 공항, 항만 및 국경검문소를 온라인으로 연계한 시스템이다. 본 시스템은 제3국 출입자에 대한 데이터베이스로 공동의 비자, 이민 및 망명정책을 실행하기 위한 선결조건이다.
솅겐정보시스템은 국경관리 부분에서 세계적으로도 유래를 찾기 힘든 방대한 데이터베이스를 구축한 외부공동국경 관리 및 공동비자정책 운영을 위한 핵심 시스템이다. 이 외에도 국경을 넘어 이루어지는 조직범죄, 마약밀매 그리고 대테러대응 등 자유안전사법지대(AFSJ)에 포함된 여러 정책실행에 있어 회원국 간 정보네트워크 기능을 갖는다. 솅겐정보시스템이 운영됨에 따라 여러 회원국에서 복수망명신청이 자동적으로 체크되어 봉쇄되고, 각국의 비자발급 및 망명접수 사무국 업무의 효율성 제고는 물론이고, 국경검문소 및 세관의 불필요한 중복업무가 배제되어 커다란 비용절감 효과를 가져왔다. 무엇보다도 이를 통해 유럽연합 차원에서 공동비자정책이 가능해졌고, 회원국간 경찰 및 형사협력(PJCCM)을 위한 기반이 구축되었다.